植物体はやや大形、灰緑色～緑褐色、長さ3～8㎝。一次茎は長さ5㎝以下、葉を含めた幅3～4㎜、小さな葉をつけて樹幹を這い、不規則に分枝する。二次茎は斜上し、乾くと跳ね上がる。まばらに分枝し、枝の長さは5～10(20)㎜。葉は茎に圧着せず、8列につき混み合って見え、長さ2～2.5㎜の卵形～長楕円状卵形、椀形に凹み、上部に大きな横しわがある。葉先は尖り、葉縁は内側に折れやすく、やや不明瞭な細かい歯がある。中肋は細く、葉の中部より少し長い。枝葉の上部の葉身細胞は長さ15～20 µmの惰円形～菱形、中部の葉身細胞は長さ25～40μmの長楕円形～菱形、平滑。雌雄同株。蒴は葉先近くにつき、蒴柄は非常に短く、長さ約0.8㎜、蒴が雌苞葉から見え隠れする。蒴は長さ約2㎜、卵形。n=10
　エゾヒラゴケは二次茎が1回羽状に密に分枝し、葉が広披針形。蒴は雌苞葉に隠れる。葉身細胞が40～70μmと細長い。